Среди множества вариантов эти пять пятен являются наиболее распространенными, начиная с бромистого этидия, который наиболее широко используется. При работе с этим процессом важно знать не только различия между пятнами, но и риски, присущие здоровью.
Бромид этидия, вероятно, является наиболее известным красителем, используемым для визуализации ДНК. Его можно использовать в гелевой смеси, буфере для электрофореза или для окрашивания геля после его запуска.
Молекулы красителя прилипают к нитям ДНК и флуоресцируют под ультрафиолетовым светом, показывая вам точно, где полосы находятся в геле. Несмотря на его преимущество, недостатком является то, что бромид этидия является потенциальным канцерогеном, поэтому с ним следует обращаться с большой осторожностью.
Краситель SYBR Gold можно использовать для окрашивания двух- или одноцепочечной ДНК или для окрашивания РНК. Золото SYBR появилось на рынке как одна из первых альтернатив бромиду этидия и считается более чувствительным.
Поскольку флуоресценция несвязанной молекулы настолько низка, удаление не требуется. Владелец лицензии Molecular Probes также (с момента запуска SYBR Gold) разработал и выпустил на рынок SYBR Safe и SYBR Green, которые являются более безопасными альтернативами бромиду этидия.
Пятна SYBR Green I и II (опять же, поставляемые компанией Molecular Probes) оптимизированы для различных целей. Поскольку они связываются с ДНК, они все еще считаются потенциальными мутагенами, и поэтому с ними следует обращаться осторожно.
SYBR Green I больше чувствительный для использования с двухцепочечной ДНК, в то время как SYBR Green II, с другой стороны, Лучший для использования с одноцепочечной ДНК или РНК. Подобно популярному пятну бромистого этидия, эти высокочувствительные пятна флуоресцируют под ультрафиолетовым излучением.
И SYBR Green I, и II рекомендуются производителем для использования с «254 нм эпи-подсветкой Polaroid 667 черного цвета и белая пленка и фотографический фильтр с зеленым гелем SYBR "для обнаружения 100 пг РНК или одноцепочечной ДНК на группа.
SYBR Safe был разработан, чтобы стать более безопасной альтернативой бромиду этидия и другим красителям SYBR. Он не считается опасными отходами и, как правило, может быть удален через обычные канализационные системы (то есть в канализацию), потому что тестирование на токсичность показывает, что острая токсичность отсутствует.
Тестирование также указывает в клетках сирийского хомячка (SHE), человеческих лимфоцитах, клетках мышиной лимфомы, или отмеченных в тесте AMES, наблюдается небольшая или нулевая генотоксичность. Пятно можно использовать с трансиллюминатором синего света, который вызывает меньшее повреждение визуализируемой ДНК и обеспечивает лучшую эффективность для последующего клонирования.
Это также хороший выбор, если вы используете гели с низкой температурой плавления для восстановления ДНК. Он очень стабилен при высоких температурах и сам по себе имеет очень низкую флуоресценцию, но сильно связан с ДНК. Ева Грин также продемонстрировала очень низкую цитотоксичность или ее отсутствие или мутагенность.