Гликозидные связи помечены в соответствии с идентичностью атома на втором углеводе или функциональной группе. Связь, образованная между полуацеталем или гемикеталом на первом углеводе и гидроксильной группой на второй молекуле, представляет собой O-гликозидную связь. Существуют также N-, S- и C-гликозидные связи. Ковалентные связи между гемиацеталем или гемикеталом с -SR образуют тиогликозиды. Если связь с SeR, то образуются селеногликозиды. Связи с -NR1R2 являются N-гликозидами. Связи с -CR1R2R3 называются C-гликозидами.
Семестр агликон относится к любому соединению ROH, из которого удален углеводный остаток, тогда как углеводный остаток может упоминаться как glycone. Эти термины чаще всего применяются к встречающимся в природе гликозидам.
Ориентация связи также может быть отмечена. α- а также β-гликозидные связи основаны на стереоцентре, наиболее удаленном от сахарида С1. Α-гликозидная связь возникает, когда оба атома углерода имеют одинаковую стереохимию. Gly-гликозидная связь образуется, когда два атома углерода имеют различную стереохимию.