В некоторых регионах, таких как южная Индия, индуистские королевства держались и даже отталкивались от мусульманского течения. Субконтинент также столкнулся с вторжениями знаменитых центрально-азиатских завоевателей Чингисхан, который не был мусульманином, и Тимур или Тамерлан, который был.
Этот период был предшественником эпохи Великих Моголов (1526–1857). Империя Моголов был основан Бабуром, мусульманским принцем из Узбекистана. При поздних Моголах, особенно Акбар Великиймусульманские императоры и их индуистские подданные достигли беспрецедентного понимания и создали прекрасное и процветающее многокультурное, многоэтническое и религиозно разнообразное государство.
В 1206 году бывший мамлюков раб по имени Кутбубуддин Айбак покорил северную Индию и основал королевство. Он назвал себя султаном Дели. Айбак был среднеазиатским тюркоязычным, как и основатели трех из следующих четырех султанатов Дели. Пять династий мусульманских султанов правили большей частью северной Индии вплоть до 1526 года, когда Бабур сметены из Афганистана, чтобы основать династию Моголов.
В 1221 году султан Джалал ад-Дин Мингбурну бежал из своей столицы в Самарканд, Узбекистан. Его империя Хорезмидов пала перед наступающими войсками Чингисхана, а его отец был убит, поэтому новый султан бежал на юг и восток в Индию. На реке Инд в нынешнем Пакистане монголы поймали Мингбурну и его оставшиеся 50 000 солдат. Монгольская армия составляла всего 30 000 человек, но она прижимала персов к берегу реки и уничтожала их. Может быть легко пожалеть султана, но решение его отца убить монгольских посланников было непосредственной искрой, которая начать монгольские завоевания Центральной Азии и за ее пределами в первую очередь.
Династия Чола на юге Индии была одной из самых длинных в истории человечества. Основанный в 300-х годах до нашей эры, он просуществовал до 1250 года. Нет никаких записей об одном решающем сражении; скорее, соседняя Империя Пандьян просто росла в такой степени и влиянии, что затмила и постепенно уничтожила древнее государство Чола. Эти индуистские королевства были достаточно далеко на юге, чтобы избежать влияния мусульманских завоевателей, пришедших из Центральной Азии.
В 1290 году династия мамлюков в Дели пала, и на ее месте возникла династия Хилджи, которая стала второй из пяти семей, которые правят султанатом Дели. Династия Хилджи сохраняла власть только до 1320 года.
Во время их краткого 30-летнего правления династия Хильжи успешно отразила ряд вторжений из Монгольской империи. Последней, решающей битвой, которая закончилась попытками монголов захватить Индию, была битва при Джаландхаре в 1298 г., когда армия Хилджи убила около 20 000 монголов и изгнала выживших из Индии для хорошо.
В 1320 году новое семейство смешанных тюркских и индийских кровей захватило контроль над Делийским султанатом, начав период династии Туглаков. Основанная Гази Маликом, династия Туглак расширилась на юг через Деканское плато и впервые покорила большую часть южной Индии. Однако эти территориальные завоевания длились недолго. К 1335 году Делийский султанат снова опустился в свой привычный район на севере Индии.
Интересно, что известный марокканский путешественник Ибн Баттута служил кади или исламский судья в суде Гази Малика, который принял тронное имя Гьясуддин Туглак. Он не был приятно впечатлен новым правителем Индии, осуждая различные пытки, используемые против люди, которые не платили налоги, в том числе вырвали глаза или излили расплавленный свинец глотка. Ибн Баттута был особенно потрясен тем, что эти ужасы были совершены как против мусульман, так и против неверных.
Когда власть туглаков быстро ослабла в южной Индии, новая индуистская империя бросилась заполнять вакуум власти. Империя Виджаянагара будет править более трехсот лет из Карнатаки. Это принесло беспрецедентное единство в южную Индию, основанное главным образом на индуистской солидарности перед лицом предполагаемой мусульманской угрозы для севера.
Хотя Виджаянагара смогли объединить большую часть южной Индии, они вскоре потеряли плодородное Деканское плато, простирающееся через талию субконтинента, к новому мусульманскому султанату. Султанат Бахмани был основан тюркским мятежником против туглаков по имени Алауд-дин Хасан Бахман Шах. Он вырвал Декана из Виджаянагара, и его султанат оставался сильным более века. Однако в 1480-х годах султанат Бахмани пришел в упадок. К 1512 году пять небольших султанатов обломались. Пятнадцать лет спустя центральное государство Бахмани исчезло. В бесчисленных битвах и стычках маленьким государствам-преемникам удалось предотвратить полное поражение империи Виджаянагар. Однако в 1686 году безжалостный император Aurengzeb из Моголов покорил последние остатки султаната Бахмани.
Мадурайский султанат, также известный как султанат Маабар, был еще одним регионом, управляемым тюрками, который освободился от султаната Дели. Султанат Мадурай, расположенный далеко на юге Тамилнада, просуществовал всего 48 лет, прежде чем был завоеван королевством Виджаянагара.
Четырнадцатый век западного календаря закончился кровью и хаосом для династии Туглаков Делийского султаната. Кровожадный завоеватель Тимур, также известный как Тамерлан, вторгся в северную Индию и начал покорять города туглаков один за другим. Граждане в пострадавших городах были убиты, их отрубленные головы сложены в пирамиды. В декабре 1398 года Тимур взял Дели, грабя город и убивая его жителей. Туглаки удерживали власть до 1414 года, но их столица не оправлялась от террора Тимура более века.