Одна часть современный синтез эволюционной теории включает популяционную биологию и, на еще меньшем уровне, популяционную генетику. Поскольку эволюция измеряется в единицах внутри популяций, эволюционировать могут только группы населения, а не индивидуумы, то популяционная биология и популяционная генетика являются сложными частями теории Эволюция через Естественный отбор.
когда Чарльз Дарвин Впервые опубликовав свои идеи эволюции и естественного отбора, область генетики еще не была открыта. Поскольку отслеживание аллелей и генетики является очень важной частью популяционной биологии и популяционной генетики, Дарвин не полностью охватил эти идеи в своих книгах. Теперь, имея больше технологий и знаний, мы можем включить больше популяционной биологии и популяционной генетики в Теорию эволюции.
Один из способов сделать это - слияние аллелей. Популяционные биологи смотрят на Генофонд и все доступные аллели в популяции. Затем они пытаются проследить происхождение этих аллелей назад во времени, чтобы увидеть, с чего они начали. Аллели могут быть прослежены через различные линии на
филогенетическое дерево, чтобы увидеть, где они сливаются или возвращаются вместе (альтернативный взгляд на это, когда аллели разветвляются друг от друга). Черты всегда объединяются в точке, называемой самым последним общим предком. После самого последнего общего предка аллели разделились и эволюционировали в новые признаки, и, скорее всего, популяции породили новые виды.Теория слияния, очень похоже Равновесие Харди-Вайнберга, имеет несколько предположений, которые устраняют изменения в аллелях в результате случайных событий. Теория коалесценции предполагает, что нет случайного генетического потока или генетического дрейфа аллелей в популяции или из популяции, естественный отбор не работает на выбранной популяции в течение данного периода времени, и нет рекомбинации аллелей с образованием новых или более сложных аллели. Если это верно, то самый последний общий предок может быть найден для двух разных линий сходных видов. Если что-то из вышеперечисленного находится в игре, то есть несколько препятствий, которые необходимо преодолеть, прежде чем можно будет точно определить самого последнего общего предка для этих видов.
По мере того как технологии и понимание теории коалесценции становятся все более доступными, математическая модель, которая их сопровождает, была изменена. Эти изменения в математической модели позволяют некоторые из ранее препятствующих и сложных проблем биологии населения и популяционная генетика была учтена, и все типы популяций могут быть использованы и исследованы с использованием теория.